本作时代设定成‘钢铁吉克’的50年后、不过非动画版‘钢铁吉克’的续集而是采用安田达矢作画而在テレビマガジン志上连载的漫画版作为续篇、一部份角色的设定也有所差易。本作有着热血主角的设定和女主角的性感表现、宛如1970年到1980年时的永井豪作品作风一样。
曾经，人类与拥有凶恶咒术力的女王--妃魅祸率领的邪魔大王国的埴轮幻神发生过壮绝的战争，战争最后以人类封印了妃魅祸而获得了胜利。在那场战争的50年后，人类在平静的生活中渐渐忘记了那场战争。但是，埴轮幻神又一次出现了！与它们展开战斗的是司马迁次郎博士率领的BUILD BASE！高校生草薙剑儿借着由从BIG SHOOTER射出的各种部件装着组合而成「钢铁神吉克」，与它们展开了激烈的战斗。现在，关系到人类存亡的新的战斗开始了……