《机动战士高达SEED DESTINY》是《机动战士高达SEED》的续集，描绘“高达SEED”两年后的世界。《高达SEED》主要设立在“非战”的主题之上，而《机动战士高达SEED DESTINY》则是描绘“为何会发生战争”这个主题。

C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，就在自己的眼前，少年飞鸟真失去了父母和妹妹。唯一的遗物，就只有妹妹掉落的手机……获救之后，背负着仇恨的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。

两年后，他成为了ZAFT的战士。深受吉尔伯特·迪兰达尔议长的信任飞鸟真成为了FAITH。在最终决战中，因对战斗是对是错而迷惘和露娜的介入而被阿斯兰打败。最后大结局时，飞鸟真与阿斯兰、基拉一起约定为保卫这个世界而战。