明治时代，随着文明开化及迅速西化，使得日本进入前所未有的改革期。
无法接受这种变化的人、及对于新政府有所不满的人因此犯下罪过。而囚禁这些罪犯的地方，便是位于日本最大湖——琵琶湖湖心的巨树监狱！以作为摆渡人，代代供奉大蛇的阴天神社三兄弟为中心，各式各样的现实与未解之谜交错，潇洒奢华的故事终于揭开序幕。