在过去的历史之中，传说着曾有人类以高科技创造了可飞行于天空的城市——拉普达。虽多数认为这是虚构幻想出来的事物，但仍有相信飞行城市存在而试图寻找出的人们。
某一日晚上，搭载众多旅客的飞行客船突遭到空中海盗团的袭击和入侵，空中海盗的目标是搭乘飞行船的一位名叫希达的少女身上所携带与飞行城市传说相关的物品“飞行石”。
巴斯与希达为了抢回飞行石并阻止罗穆斯卡的企图，于是搭上了朵拉一族的飞行船一同前往拉普达——传说的天空之城。