《真‧一骑当千》作为《一骑当千》系列新作章节，其故事描述，距今约一千八百年前的中华三国时代，当时各地存在着许多目标是统一中华的英雄们，而将这些英雄们的灵魂封存的勾玉，辗转之下来到日本之后，散落到关东各地并且落到高中生手中。获得勾玉的高中生们不只是继承勾玉中封印的武将灵魂，并且也和武将一样为统一而战斗。
而在关东地区，有南阳学院、许昌学院以及成都学院在争夺霸权，为了要阻止许昌的首领曹操，南阳与成都决定要联手一起将引起赤壁之战的魔王－曹操击败。另外，以关东斗士为目标，由大和学院的卑弥呼所发起的“勾玉狩猎”正式开始，也因为如此，有许多关东的斗士陆续被袭击，到底关东斗士们要如何解决这一次的危机？追溯至一千八百年之前，中华三国与邪马台国之间的战争，超越时代与场所的对决就在此实现。